是指含有明确功能微生物菌种的一种特殊水溶肥料，产品中不仅含有腐熟有机肥，而且含有规定数量的功能菌，是微生物肥和有机肥的有机统一体，属于微生物肥料范畴，也是特种水溶肥料的一种。
目前，国内已有多个品牌的微生物肥料在市场上推广使用，并已形成了生物有机肥、复合微生物肥料、微生物肥料、微生物菌剂、生物修复菌剂、根瘤菌菌剂、光合细菌菌剂、内生菌根菌剂等多系列产品，这在一定程度上满足了农户的用肥需求。
国内化肥结构失衡危害严重 微生物肥将成市场强心针
近20年来，我国微生物肥料标准体系基本建成，目前共包括了通用标准、使用菌种安全标准、产品标准、方法标准和技术规程五个方面等19个标准（3项国家标准和16项农业行业标准）。
农业部微生物肥料和食用菌菌种质检中心主任李俊表示，当前微生物肥料企业总数在1000个以上，年产量1000万吨，年产值200亿元，累计应用面积超2亿亩，微生物肥料已成为新型肥料中年产量最大、应用面积最广的品种，是解决农业可持续发展问题的突破口。
但目前，水溶肥料结构不合理是中国化肥应用过程中存在的突出问题，主要表现在：重化肥，轻有机肥和微生物肥料；重氮肥，轻磷钾肥；重大量元素，轻中微量元素。当前化肥不合理使用已影响到生态环境和食品安全，而微生物肥料已成为解决前述问题、发展绿色农业不可或缺的产品。
调整施肥方式 “激活”微生物肥 庄稼安全又高产
1、增加微生物肥料的投入
在目前的蔬菜栽培模式下，土壤有益微生物的数量会越来越少，只有通过投入优质的菌肥产品才能保证土壤有益微生物的数量。通过底施、穴施、蘸盘、冲施等不同的施用方式，以保证蔬菜生长过程中土壤微生物的数量优势，不仅能促进植株健壮，还可保证土壤处于健康状态。
2、注意土壤环境
土壤有益微生物的生存和繁殖需要良好的土壤环境，因此在农业操作中要注意创造有利于微生物生存的土壤条件。土壤的酸碱度不能有较大变化，中性土壤更利于微生物的生存。
菌肥使用时要避开高温强光。菌肥使用后注意补水，生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。菌肥使用后禁止立刻使用杀菌剂。
3、微生物肥料与其他类型水溶肥料混施
有机肥与微生物肥料的配合使用。一般来说，粪肥在使用时需要通过生物菌进行发酵腐熟，用到蔬菜上的时候才能保证足够的安全。比如鲜粪肥使用时配合微生物肥料可促进粪肥发酵腐熟，减少对蔬菜的危害。
甲壳素与微生物肥料的配合使用。微生物肥料中含有的固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌、乳酸菌、光合细菌等。尤其是放线菌，可以产生多种抗生素，抑制致病菌的生长繁殖。
甲壳素有利于土壤中的自生固氮细菌、乳酸细菌放线菌的生长，而对于霉菌和其它丝状真菌有明显的抑制作用。在解决死棵等土传病害问题上，甲壳素配合生物菌可起到良好的效果。
化学肥料和微生物肥料的配合使用。一方面可以利用生物菌达到活化土壤、调节植株生长、促进土壤中养分的吸收的作用，降低矿质养分在土壤中的残留，另一方面化学肥料可以满足生物菌在调节和促进植株生长过程中对于矿质元素的需求。
现在，市场上出现了许多含有生物菌的水溶肥料产品，这类产品的出现满足了蔬菜对于矿质养分和生物菌的需求。